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　父クルト・ザンデルリンクが、サンクト・ぺテルブルク・フィルハーモニーの指揮者であったため、ザンデルリンク家の長男としてサンクト・ペテルブルクで育つ。レニングラード音楽院卒業後、東ベルリン音楽院で指揮法を学ぶ。弱冠24歳で、ハレ州立歌劇場の音楽監督に就任。若くして、ドレスデン・シュタッツ・カペレやライプチヒ・ゲヴァントハウス管弦楽団を指揮する。
　当時トーマス・ザンデルリンクの演奏を聴き、感銘したショスタコーヴィチは、自らの交響曲第１３番と第１４番を献呈する。ベルリンでその交響曲の初演を行う。これを機に、ショスタコーヴィチの最後のオーケストラ作品「ミケランジェロ組曲」をレコーディングする。このCDが、きっかけになり、レナード・バーンスタインとヘルベルト・フォン・カラヤンのアシスタントとなる。
　トーマス・ザンデルリンクは、世界各国のオーケストラを振っており、チェコ・フィルハーモニー、ロンドン・フィルハーモニー、フィルハーモニア管弦楽団、BBC交響楽団、ウィーン交響楽団、ケルン放送交響楽団、ドレスデン・フィルハーモニー、ピッツバーグ交響楽団、モントリオール交響楽団、デトロイト交響楽団、ロイヤル・ストックホルム、ナショナル管弦楽団、ダラス交響楽団、ロイヤル・リバプール・フィル等を指揮する。また2006年9月にミュンヘンで開催された「ショスタコーヴィッチ・フェスティバル」では、マリス・ヤンソンス、ベルナルト・ハイティンクと並んで招待されて、バイエルン放送交響楽団を指揮する。日本では、大阪シンフォニカーの桂冠音楽監督を務める。
またトーマス・ザンデルリンクは、オペラ指揮者としても活躍しており、1978年~83年まで、ベルリン国立歌劇場常任客演指揮者として、モーツァルト、ベートーヴェン、ウェーバー、ワーグナー、ヴェルディ、スメタナ、ドヴォルザーク、プッチーニ、チャイコフスキー、リヒャルト・シュトラウス等を上演する。またウィーン国立歌劇場にも出演。「魔笛」、「フィガロの結婚」を指揮し、絶賛された。彼は、さらにフランクフト歌劇場、ベルリン・ドイツ・オペラ、ハンブルク国立歌劇場でも、指揮している。
　サンクト・ペテルブルク・フィルハーモニーとは、マーラーの交響曲第6番、フィルハーモニア管弦楽団とはブラームスの交響曲全集をCD録音し、高い評価を受けている。その他、BIS等より、数多くのCDをリリースしている。
　2004年、プーチン大統領の元で創設されたニュー・ロシア・ナショナル・フィルハーモニーの首席客演指揮者に就任し、ショスタコーヴィチ夫人の招きにより、ショスタコーヴィチ・フェスティバルで、彼の作品を初演した。